Suite à une blessure récurrente au genou, il a dû déclarer forfait pour le reste de la saison afin de se faire opérer. Ruud van Nistelrooy a refait son retour sur les terrains à l'occasion du match pour le Trophée Santiago Bernabéu qui s'est déroulé le 24 août 2009 contre le club de Rosenborg. Dans le mois d'aout il a manifesté son envie de suspendre sa retraite internationale et de revenir en selection .