Milieu de terrain polyvalent, João Moutinho est considéré comme l'un des joueurs les plus prometteurs du Portugal.

Avec l'équipe A du Portugal, il compte 17 sélections et 1 but (marqué en match amical contre la Géorgie d'une superbe frappe de loin). Il était titulaire durant l'Euro 2008. Avant d'intégrer la sélection A, il a été sélectionné à de multiples reprises avec les Espoirs avec lesquels il a notamment disputé l'Euro 2006 et l'Euro 2007 de la catégorie.