Faubert a commencé sa carrière à l'AS Cannes avant de rejoindre le FC Girondins de Bordeaux, pour lequel il a disputé 96 matches de Ligue 1 entre 2004 et 2007. Transféré à West Ham pour 9 M€, le milieu de terrain ne joue pas beaucoup pour sa première saison en Angleterre, en raison d'une blessure au tendon d'Achille. Faubert sera le 14e Français à jouer pour le club neuf fois vainqueur de la Coupe des clubs champions européens.

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